中国湖泊科学数据库旨在为科研人员提供质量可靠的数据服务，对我国湖泊生态环境变化具有初步刻画能力，并具有部分湖泊环境变化的深入分析潜力，在一定程度上满足科研需求。中国湖泊科学数据库共包含八个子库，其中全国湖泊基础数据包含了全国面积1Km²以上约3000个湖泊的编码、空间位置、边界形状等基础数据；全国湖泊动态变化数据包含全国50km²以上约40个湖泊的时空变化数据；全国湖泊卫星遥感影像数据包含全国50km²以上约223个湖泊卫星遥感影像；重点湖泊水质人工监测数据包含太湖、鄱阳湖、抚仙湖水质的人工监测数据；重点湖泊水质自动监测数据库主要是太湖水质自动监测数据；重点湖泊遥感影像反演数据主要是太湖遥感影像反演得到的叶绿素、藻蓝素、水温、悬浮物等数据；蓝藻水华数据库描述了太湖的蓝藻空间分布状况。

包含全国面积1km²以上约3000个湖泊的编目数据、空间位置、边界形状等基础数据。

包含全国50km2以上约40个湖泊的时空变化数据，如湖泊面积的消亡情况、递减情况和增加情况，记录湖泊基础数据的历史变化发展。

包含重点湖泊如太湖的人工监测水质项目数据，如水深、水温、透明度、悬浮质、pH、电导率、CODMn、溶解氧、氨氮、亚硝态氮、硝态氮、溶解性总氮、总氮、磷酸根、溶解性总磷、总磷、碱度、叶绿素a、脱镁叶绿素等监测项目数据。

包含重点湖泊如太湖的远程实时自动监测水质项目数据，所含的监测项目有风速、风向、大气压、太阳辐射、空气温度、湿度、蓝绿藻、pH、溶解氧、浊度、深度、氨氮、硝酸盐、水体温度、电导率及盐度等。

太湖重点湖泊长时间序列的水文、气象、生物监测数据。

全国50Km2以上全部223个湖泊的卫星遥感影像数据。

由太湖遥感影像数据反演得到的叶绿素、澡蓝素、水温、悬浮物等数据。

主要包含太湖蓝藻的空间分布图。